搭載するバッテリーの容量は変更可能ですか？

基本的には変更可能です。
稼働量や負荷が高い車両では、標準よりも容量の高いバッテリーを搭載することで、過放電になりずらくなり、寿命が大きく延ばせる可能性があります。