フォークリフトバッテリーの寿命が2～3年と短いのですが使用方法が悪いのでしょうか？

日常的にバッテリー残量0～25％を使用している可能性があります。
昼休みや休憩時間に補充電を行い、高い残量を維持することで現状よりも長期間使用できる可能性があります。